در روایات گفته شده که اسکندر در راه ری در این مکان زندانی ساخته که آن را کِثَه می خواندند ؛ بعدها در دوران ساسانیان به فرمان یزد گرد اول در این مکان شهری بنا شد که به آن یزدان گرد گفته می شد. هرچند در اسناد تاریخی، مدرکی مبنی بر ساخت زندان توسط اسکندر وجود ندارد، اما این منطقه و پیرامون آن، موقعیت خوبی را از نظر استراتژیکی دارا بوده و اسکندر برای استقرار نیروی نظامی یونانیان و تسخیر ایالات پارس و ماد از این مکان بهره برده است. بنابراین امکان اینکه زندانی را هم در این مکان بنا کرده باشد چندان دور از ذهن نیست.
در سال ۶۳۱ هجری قمری (قرن ۷)، زندان اسکندر تغییر کاربری یافت و به مدرسه ای تبدیل شد. سید ضیاءالدین حسین رضی، داماد سید ركن الدین محمد- بانی مدرسه ركنیه- دو منار بلند، ایوان و درگاهی وسیع با حجره های زیاد در آن ایجاد كرد و آب قنات اشكذر را در آن جاری ساخت.
ضیاء الدین علاوه بر مدرسه ضیائیه، كتابخانه ای برای استفاده طلاب، زاویه ای برای عبادت در مجاورت مدرسه و چندین خانه با بادگیرهای بلند گویا برای سكونت مدرسین در پشت مدرسه ساخت، اما ساخت بنای مدرسه هنوز به اتمام نرسیده بود كه ضیاء الدین فوت كرد و پسرانش مجدالدین حسن و شرف الدین علی در سال ۷۰۵، ساخت این مدرسه را تكمیل نمودند و موقوفاتی را جهت مرمت و مخارج مدرسه در نظر گرفتند.
اولین قسمتی كه به بازدید آن در زندان اسکندر می رویم گنبد خانه است. گنبد خانه بنا در اضلاع ۸/۸ متر و با ارتفاع ۱۸ متر از قدیمی ترین بخش های مدرسه ضیائیه به حساب می آید كه محرابی ساده و در دو طبقه با طرح مقرنس ساده و نقش سرمه دان در وسط خانه ها، زیبایی خاصی به گنبد خانه داده است.
از گنبد خانه خارج می شویم و دوباره وارد صحن می شویم. صحن این مدرسه مستطیل شكل است و سه ایوان رفیع در ضلع جنوبی، شمالی (اتاق زیر بادگیر) و غربی دارد كه در این میان ایوان غربی از آن دو ایوان بزرگتر است. گفته می شود ایوان ضلع شرقی در گذر زمان از بین رفته است.
جالب است بدانید در این بنا هیچ گونه تزئینات كاشی كاری به چشم نمی خورد و تنها آثار بر جای مانده آن، خشت خام بوده كه این بنای در آمده از خاک را تا كنون بر جای نگه داشته است.
شعر حافظ درباره زندان اسکندر

بد نیست به این موضوع اشاره كنیم كه قرن هاست كه یزد را به نام زندان اسکندر می شناسند اما می دانیم كه مدرسه ضیائیه هیچ گاه زندان نبوده است. یكی از مواردی كه بر این امر دامن زده تأثیر گسترده ی شعر خواجه شیراز، حافظ است كه می فرماید: 
دلم از وحشت زندان سکندر بگرفت                رخت بر بندم و تا ملک سلیمان بروم
(از نظر صاحب نظران و بزرگان ادبی، منظور حافظ از زندان سکندر، شهر یزد بوده است).